El motivo por el cual, pueden no coincidir el listado de Gestoría y de Facturación de Pendientes,  es porque están filtrando datos diferentes.  En el módulo de facturación de pendientes:

Cuando realizamos el siguiente filtro:

Estamos seleccionando facturas, que se encuentran vinculadas a un cobro, por lo que no se van a listar las facturas que se encuentran si cobrar.

Cuando accedemos a Registro, Gestoría:

Vamos a listar todas las facturas emitidas, se encuentren pagadas o no. Motivo por el cual, dichos listados no siempre van a coincidir.